شهر انسانی صهیون از خود در برابر تهاجم عظیم ماشین‌ها دفاع می‌کند، زیرا نئو برای پایان دادن به جنگ در جبهه‌ای دیگر می‌جنگد و در عین حال با مامور سرکش اسمیت نیز مخالفت می‌کند.